Rozpoczęte dzieło rozwijał i umacniał od 1964 dyrektor Artur Ciemnoczołowski, za którego kadencji w 1966 szkoła przyjęła imię Heleny Modrzejewskiej. Wówczas to nastąpił wszechstronny rozkwit szkoły: młodzież udzielała się w życiu kulturalnym i artystycznym miasta, pogłębiała zainteresowania humanistyczne i współpracowała z uczelniami wyższymi. W 1967 liceum stało się koedukacyjne, a program nauki wzbogacono o przedmioty techniczne. W latach 1970–1972 dobudowano do szkoły hol wejściowy.
W okresie stanu wojennego społeczność szkoły była zaangażowana politycznie: organizowała ciche przerwy i kolportowała pisma drugiego obiegu (działała w tym zakresie opozycjonistka i nauczycielka historii, Irena Jegliczka).
Od 2 kwietnia 1993 nawiązując do tradycji szkoła ma dwie patronki i nosi nazwę: II Liceum Ogólnokształcące im. Generałowej Zamoyskiej i Heleny Modrzejewskiej.
Po ostatniej reformie szkoła funkcjonuje jako Zespół Szkół Ogólnokształcących, na które składa się liceum ogólnokształcące oraz liceum dla dorosłych.
W 2017, w 2019, w 2021 oraz 2022 roku II LO w Poznaniu według rankingu miesięcznika „Perspektywy” zostało uznane za najlepszą szkołę w Wielkopolsce, zajmując kolejno 31., 28., 25. i 26. miejsce w Polsce.
Miejsce w rankingach Miejsce w rankingu liceów sporządzanym przez portal WaszaEdukacja.pl