14 stycznia 1955 roku został przemianowany na Wojskowy Instytut Naukowo-Badawczy i Doświadczalny Medycyny Lotniczej
Swoją obecną nazwę Wojskowy Instytut Medycyny Lotniczej otrzymał zgodnie z zarządzeniem MON z 21 maja 1958 roku, a 2 lata później stałą siedzibę w Warszawie przy ul. Krasińskiego 54. W Instytucie w 1959 roku rozpoczęła działalność Rada Naukowa WIML.
Od 1967 roku współpracuje z Polską Akademią Nauk, a zarządzeniem przewodniczącego Komitetu Nauki i Techniki z 24 kwietnia 1968 roku otrzymał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk medycznych.
W latach 1970–1978 WIML służył przygotowaniom do lotu człowieka w kosmos. W 1978 roku w 50 rocznicę swego istnienia został odznaczony przez Radę Państwa Orderem Sztandaru Pracy II klasy.
18 kwietnia 1980 roku Minister Obrony Narodowej wydał zarządzenie Nr 15/MON w sprawie uprawnień Wojskowego Instytutu Medycyny Lotniczej do nadawania stopni naukowych w zakresie nauk wojskowych. Na podstawie togo zarządzenia WIML został uprawniony do nadawania stopnia naukowego doktora nauk wojskowych oraz stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk wojskowych w zakresie organizacji i taktyki służby zdrowia wojsk lotniczych oraz wojsk obrony powietrznej krajuDziennik Rozkazów MON z 1980 r. poz. 25.