Następnie pracował fizycznie i jako buchalter.

We wrześniu 1939 uciekł na wschód, dzięki czemu ocalał, podobnie jak jego młodszy brat Michał Piasecki (1919-2002). od listopada 1939 do czerwca 1941 pracował jako nauczyciel w Kowlu. W lipcu 1940 ożenił się, w 1941 urodził mu się syn Eryk. Po wybuchu wojny sowiecko-niemieckiej został ewakuowany na wschód, w latach 1942-44 był robotnikiem przymusowym w Batalionie Budownictwa Kolejowego (tzw. strojbat) przy budowie linii z Astrachania do Wolska. Od sierpnia 1944 przebywał w Moskwie, do lutego 1945 pracował w Rozgłośni im. Tadeusza Kościuszki w Moskwie.

W lutym 1945 przyjechał do Polski (od tego czasu posługiwał się nazwiskiem Henryk Piasecki, od marca 1945 mieszkał w Warszawie, w tym samym miesiącu został przyjęty do służby w Ministerstwie Bezpieczeństwa Publicznego, był kolejno zastępcą kierownika Sekcji II Wydziału II Departamentu III, kierownikiem Sekcji I Wydziału III Departamentu I (od lipca 1945), kierownikiem Wydziału I Departamentu V (od listopada 1945). W listopadzie 1945 awansowany na porucznika, w kwietniu 1946 na majora, w lipcu 1949 na podpułkownika.