Franciszek Ferdynand Werner (ur. 14 listopada 1799 w Warszawie, zm. 15 sierpnia 1870 tamże) – farmaceuta warszawski, uczestnik powstania listopadowego, kawaler Orderu Virtuti Militari, profesor Szkoły Głównej.
Życiorys Pochodził z rodziny luterańskiej. Ojciec Samuel Fryderyk (1761–1836), żonaty z Renatą Karoliną z Meissnerów (1769–1808), z zawodu fabrykant mydła, walczył na czele swych czeladników w czasie insurekcji kościuszkowskiej na ulicach Warszawy.
Ferdynand (tego imienia używał) uczęszczał do Liceum Warszawskiego, potem studiował farmację na UW. Magisterium uzyskał w roku 1824, po czym praktykował w aptekach warszawskich, prawdopodobnie u współwyznawców-ewangelików. W czasie powstania listopadowego rodzice urządzili w swym mieszkaniu mały lazaret, podczas gdy Ferdynand najpierw służył jako podporucznik w Gwardii Narodowej i później jako aptekarz w Dywizji Karabinierów Konnych. Za odwagę i ofiarność otrzymał Krzyż Złoty Orderu Virtuti Militari.