W dniach 1-3 września 1939 roku batalion nie prowadził walk. Prowadził rozbudowę inżynieryjną powierzonego odcinka obrony oraz pełnił służbę patrolową i prowadził działania przeciw dywersyjne. 2 września żołnierze 1 kompanii ON „Kościan” pojmali dwóch niemieckich lotników z zestrzelonego niemieckiego samolotu bombowego.
3 września 1939 roku dowódca Armii „Poznań” rozkazał dowódcy Wielkopolskiej BK odesłać Kościański, Leszczyński i Rawicki batalion ON w rejon Miłosławia, do swojej dyspozycji. Nocą 3/4 września batalion otrzymał rozkaz objęcia odcinka obrony „Jeziora”. Objęcie odcinka obrony zamykało przesmyki pomiędzy jeziorami Kórnickim, Bnińskim, Wielkim, Małym i Łękno. Dowództwo batalionu stanęło we wsi Śnieciska. Z OW „Czempiń” została odesłana nocą 3/4 września 3 kompania ON, do macierzystego batalionu. 4 września batalion podjął dalszy marsz przez Miłosław, Pyzdry, do Kanału Morzysławskiego. W nocy z 4 na 5 września wszystkie trzy bataliony ON podjęły marsz do Rudzicy.