Rządy konserwatystów doprowadziły do napięć społecznych i stworzyły korzystne warunki do budowy na obszarach wiejskich partyzantki komunistycznejChandler, s. 157..
11 marca 1967 roku w Battambang wybuchło powstanie chłopskie, które rozprzestrzeniło się na cały rejon. Lon Nol pod nieobecność Shinaouka (który przebywał wtedy we Francji), lecz działając za jego zgodą, ogłosił stan wojenny. W wyniku represji zginęły setki chłopów, a całe wioski zostały zniszczoneIsaacs, Hardy i Brown, s. 86.Chandler, s. 165.. Shinaouk po powrocie do kraju nakazał aresztowanie czołowych działaczy bardziej radykalnej lewicy (z której część uczestniczyła w jego wcześniejszych rządach)Chandler, s. 166.. Król zmusił Lon Nola do dymisji, a do rządu wprowadził nowe grupy lewicowe, co miało zrównoważyć wpływy konserwatywne. Kryzys minął, jednak wywołał tragiczne w skutkach konsekwencje – radykalna frakcja Komunistycznej Partii Kambodży, określona przez króla jako Czerwoni Khmerzy, przyciągnęła tysiące rekrutów, którzy utworzyli oddziały partyzanckie, a postać Lon Nola zaczęła kojarzyć się z brutalnymi represjamiIsaacs, Hardy i Brown, s. 87.. W styczniu 1968 roku Czerwoni Khmerzy rozpoczęli pierwszą ofensywę militarną. Liczba rebeliantów, która wzięła w niej udział, wyniosła od czterech do pięciu tysięcySutsakhan, s. 32.Chandler, s. 174–176..