Aresztowany w 1945 przez Brytyjczyków, wydany został władzom radzieckim celem osądzenia. W procesie załogi Sachsenhausen przed radzieckim Trybunałem Wojskowym w Berlinie Baumkötter został skazany na karę dożywotniego więzienia. Do 1955 więziono go w ZSRR, gdy został zwolniony na mocy amnestii ogłoszonej przez Nikitę Chruszczowa. Powrócił do Niemiec, ale aresztowały go władze RFN. Baumkötter stanął przed sądem w Münster oskarżony o zbrodnie popełnione w Sachsenhausen, w tym uczestnictwo w masowej egzekucji 125 więźniów obozu w dniach 31 stycznia – 1 lutego 1945 czy dokonanie selekcji przynajmniej 110 więźniów do komór gazowych w latach 1942–1945. 19 lutego 1962 został uznany za winnego i skazany na karę 8 lat pozbawienia wolności. Sąd uznał jednak, że Baumkötter odbył już karę więzienia w ZSRR i zwolnił go od obowiązku jej odbywania.
Przypisy