Powrót do Armii Jego powrót do armii przypada na okres wojny meksykańskiej, kiedy to otrzymał stopień pułkownika 1 ochotniczego regimentu piechoty pod komendą generała Zacharego Taylora. Został Głównym Inspektorem Sił Ochotniczych i wziął udział w bitwie pod Monterrey i Bueną Vistą. Po wojnie został powołany (w stopniu majora) na stanowisko skarbnika i służbę tę pełnił ponad pięć lat. W roku 1855 został mianowany pułkownikiem i objął dowodzenie nad 2 regimentem kawalerii Stanów Zjednoczonych. Brał udział w wojnie w Utah i za służbę podczas niej uzyskał awans na stopień generała brygady.
Wojna secesyjna W dniu wybuchu wojny secesyjnej Johnston pełnił funkcję kierownika armijnego departamentu Pacyfiku (służbę tę rozpoczął w końcu roku 1860). Pomimo prób przeciągnięcia go na stronę Unii pozostał neutralny do momentu, gdy Teksas przyłączył się do Konfederacji. Wówczas złożył swój urząd i udał się do Richmond, gdzie został mianowany generałem Konfederacji przez prezydenta, którym był jego przyjaciel Jefferson Davis. 30 maja 1861 roku został drugim pod względem znaczenia dowódcą Armii Konfederacji jako dowódca Departamentu Zachodniego. Utworzył Armię Missisipi, w celu obrony linii rozciągającej się od rzeki Missisipi przez Kentucky do gór Allegheny.