Pracował w szpitalach w Śródmieściu i na Powiślu. Był kapelanem Sióstr Matki Boskiej Miłosierdzia przy ulicy Żytniej w Warszawie, a następnie więzienia przy ulicy Dzielnej.
Stanisław Tworkowski był wikarym w Żbikowie, Mińsku Mazowieckim, Nowym Dworze Mazowieckim, Radzyminie, a także w Warszawie (Parafia Najświętszego Zbawiciela w Warszawie, św. Jakuba na Ochocie i Matki Bożej Loretańskiej na warszawskiej Pradze). W latach 1971–1983 był proboszczem w kościele św. Jadwigi w Milanówku.
W 1949 usunięto go ze stanowiska prefekta szkół warszawskich bez prawa do emerytury. W 1956, gdy w PRL wprowadzono ustawę o dopuszczalności przerywania ciąży, działał przeciwko niej. W 1958 nielegalnie (bez zgody cenzury i pod pseudonimem Tworzykowski) wydał powieść Kainka, za co spędził kilka miesięcy w więzieniu. Wydana w nakładzie 500 egzemplarzy książka, potępiająca aborcję, była pierwszą publikacją w drugim obiegu po 1956. Tworkowski był katolickim tradycjonalistą, krytykował Sobór watykański II.
W 1965 został uhonorowany przywilejem noszenia rokiety, mantoletu i pierścienia. Od 1981 był kapelanem prymasa Józefa Glempa.