Wydawnictwo drukowało ponadto na ocalałym papierze małe ilości brakujących fragmentów książek Ossendowskigo.
Stefan Szpinger swoją bezinteresowną akcją transportową zdobył uznanie i przyjaźń Wegnera, który mianował go kierownikiem wydawnictwa i udzielił pełnego pełnomocnictwa do prowadzenia wszelkich spraw. 13 lipca 1941 Rudolf Wegner zmarł na zawał serca. Wydawnictwo przejęły żona Wanda i córka Irena Rybotycka, a kierował nim nadal Stefan Szpinger, który m.in. zakończył rozmowy z Marią Rodziewiczówną, uzyskując dla Wydawnictwa Polskiego wyłączność na wydawanie jej dzieł. Najcenniejsza część zachowanych książek została przeniesiona do nowego magazynu przy ul. Nowy Świat. Działalność wydawnictwa w czasie okupacji była dochodowa ze względu na duży popyt na książki polskie. Poza przesłankami patriotycznymi były one traktowane jako lokata kapitału i na rynku wtórnym osiągały wysokie ceny, np. cena książki kucharskiej Disslowej dochodziła do 1000 zł za egzemplarz. Ze sprzedaży wyłączonych zostało kilkadziesiąt tysięcy zmagazynowanych tomów, uznanych przez Szpingera i właścicielki firmy za majątek przeznaczony na uruchomienie wydawnictwa po zakończeniu wojny.