Zbiory składają się z następujących zespołów obiektów: kolekcji głównej, obejmującej fotografię i sprzęt fotograficzny oraz filmowy, zespołu materiałów pomocniczych: badawczych i edukacyjnych, kolekcji fotografii wirtualnych biblioteki fachowejmały|Walery Rzewuski, Adam Stefan Sapieha, 1885-1887, MHF 1854 II 18mały|Tadeusz Rząca, Tatry, Morskie Oko, 1910-1920, MHF 3727 II 76 mały|Ignacy Krieger, Kobieta w sukmanie, portret, 1864-1889, MHF 12504 II mały|Jan Alojzy Neuman, Na basenie, ok. 1935, MHF 11341 II
Zbiory Muzeum Fotografii, na które składa się ponad 105 000 obiektów, są podzielone na pięć części:
Kolekcja fotografii nieprofesjonalnej Najliczniejsza kolekcja w zbiorach MuFo. Składają się na nią fotografie wykonane przez amatorów, zarówno w Polsce, jak i za granicą, od końca XIX wieku do współczesności. Kolekcja obejmuje albumy rodzinne, zestawy zdjęć, a także prace indywidualnych autorów, takich jak Paweł Mussil czy Klementyna Zubrzycka-Bączkowskahttps://mufo.krakow.pl/uploaded_files/1667441020_polityka-gromadzenia-zbiorow-mufo-2022-2026.pdf. mały|Jan Bułhak, Pejzaż zimowy, Wilno, Góra Trzykrzyska, 1930-1938, MHF 2821 II