Janusza Bogdanowskiego 2012 – Kraków Bez Barier (IV kategoria Obiekty i przestrzenie zabytkowe) nagroda dla Muzeum Inżynierii Miejskiej za dobry przykład dostosowania istniejących budynków do potrzeb osób niepełnosprawnych. 2016 XI Międzynarodowym Festiwal Filmów Turystycznych, Ekologicznych i Artystycznych FilmAT – filmy promujące Muzeum uzyskały nagrodę za wartości edukacyjne Muzeum zostało dwukrotnie docenione nagrodą „Sybilla” w prestiżowym Konkursie na Wydarzenie Muzealne Roku: w 2003 roku III nagroda w kategorii „Wystawy przyrodnicze, techniczne i medyczne” za wystawę „Zabawy z nauką” w 2014 roku na XXXV Konkursie na Wydarzenie Muzealne Roku w kategorii „Wystawy przyrodnicze i techniczne” za poszerzenie oferty Ogrodu Doświadczeń im. Stanisława Lema o nowe przestrzenie edukacji przyrodniczej (Geo-gródek, Lem-birynt, Zapachowo) 2021 – Muzeum uzyskało nagrodę w plebiscycie „Fundusze Europejskie są w Małopolsce!” za projekt pn. „Zimowy Ogród Doświadczeń – poszerzenie oferty Ogrodu Doświadczeń im. St. Lema w Krakowie”.