został członkiem Rządu Narodowego, gdzie w Wydziale Spraw Wewnętrznych pełnił funkcję referenta do spraw województw mazowieckiego i kaliskiego.
Aresztowany na wiosnę 1864 r. został objęty procesem Traugutta. W śledztwie prowadzonym w Warszawskiej Aleksandrowskiej Cytadeli zachował niezłomną postawę, nie uległ naciskom, wszystkiemu zaprzeczał i wyparł się wszelkich nielegalnych działań. Zgodnie z orzeczeniem Wojskowej Komisji Śledczej z dn. 14 maja 1864 r. Romuald Traugutt i pozostałych 22 członków Rządu Narodowego, w tym Adolf Hennel, zostało oddanych pod sąd wojenny.
Na mocy wyroku sądu polowego z dn 7 lipca 1864 r., zatwierdzonego przez Namiestnika i Głównodowodzącego wojskami w Królestwie Polskim generał-adiutanta hrabiego Fiodora F. Berga pięciu uczestników procesu, na czele z Romualdem Trauguttem, zostało skazanych na karę śmierci przez powieszenie. Adolfa Hennela skazano początkowo na zsyłkę na 15 lat ciężkich robót. Wyrok ten zmieniono następnie na zesłanie na 5 lat do Tobolska na Syberii. Eugenia towarzyszyła mężowi na wygnaniu. Dom Adolfa i Eugenii był ośrodkiem życia Polaków - wygnańców w Tobolsku.