Proces o zabójstwo W 1910 został oskarżony o zabójstwo swego szwagra Stanisława Chrzanowskiego (motywy były niejasne – chodzić mogło o sprawy majątkowe), którego miał zamordować w hoteliku „Pokoje meblowane Zawadzkiego” przy ulicy Marszałkowskiej 112 w Warszawie. Z ramienia policji sprawę prowadził referent Urzędu Śledczego Ludwik Kurnatowski. Ustalono, że Ronikier wynajął dwa pokoje przez podstawioną kobietę na nazwisko ofiary. Po długim i głośnym procesie poszlakowym w 1914 został skazany na 11 lat ciężkich robót, pozbawienie praw stanu (tytułu szlacheckiego) i dożywotnie zesłanie na Syberię. Nie wiadomo do końca, czy pisarz nie stał się ofiarą zbrodniczego spisku.
W czasie I wojny światowej udało mu się uniknąć wywózki w głąb Rosji, a gdy Warszawę zajęli Niemcy, został zwolniony za kaucją w złocie. W 1919 zbiegł do Austrii, gdzie spokojnie mieszkał z rodziną w Salzburgu. Po wojnie, w 1923, na żądanie Ministerstwa Sprawiedliwości Rzeczypospolitej nastąpiła ekstradycja Bogdana Jaxa-Ronikiera do Polski. Ponownie osadzony w więzieniu mokotowskim, został ułaskawiony przez prezydenta Ignacego Mościckiego i wyszedł na wolność w 1927. W tym samym roku władze skonfiskowały nakład opatrzonej jego przedmową publikacji autorstwa Stanisława Antoniego Wotowskiego Mury więzienne. Wspomnienia B. hr.