Od 12 września batalion wyszedł ze składu 26 DP i wszedł w skład Zgrupowania Obrony Narodowej płk. Stanisława Siudy, które weszło w skład Armii „Pomorze”. Bezpośrednio batalion podlegał dowódcy improwizowanego pułku ON mjr. Marianowi Kwiatkowskiemu. Od 12 września pułk mjr. Kwiatkowskiego stanowił odwód płk. Siudy i przeszło w rejon Kłodawy, w pobliżu miejsca postoju dowództwa zgrupowania ON. Zadaniem pułku była stała gotowość do wykonania przeciwuderzenia z rejonu Izbicy w kierunku północno-wschodnim. Zadaniem całego zgrupowania była osłona głównych sił obu armii prowadzących natarcie w kierunku południowym.
Nocą 12/13 września zgrupowanie ON zostało przegrupowane na nowe rubieże obrony. Batalion ON „Żnin” w składzie pułku mjr. Kwiatkowskiego zajął stanowiska na linii kolejki wąskotorowej Rybno od północnego skraju lasu Przedecza, las Rogoźno, po szosę Chrustowo-Chodecz. Pułk miał styczność z oddziałami nieprzyjaciela. Nocą 13/14 września nastąpiło dalsze przegrupowanie pułku, pułk mjr. Kwiatkowskiego stanął na postój jako odwód dowódcy zgrupowania ON płk. Siudy w rejonie lasów na północny wschód od folwarku Muchnice. Wieczorem 15 września wraz z całym zgrupowaniem batalion wycofał się na linię obrony Oporów-Żychlin-Dobrzelin, gdzie opóźniał oddziały niemieckie postępujące za batalionem.