W nocy 13/14 września wraz z GO gen. bryg. Juliusza Zulaufa batalion przeszedł do Warszawy.
W obronie Warszawy Wraz z 20 DP dotarł 14 września do Warszawy I Mazurski batalion ON w osłabionym składzie, ale z kompletem pododdziałów. Został włączony w skład Odcinka Warszawa „Wschód” (Praga) i jego pododcinka południowo-wschodniego. Do batalionu ON „Mazury I” włączone zostały pozostałe w Warszawie plutony z 5 bs. Następnie na rozkaz dowódcy 26 pułku piechoty, a jednocześnie dowódcy sektora „Utrata” ppłk. dypl. Franciszka Węgrzyna, ze względu na dość niskie stany osobowe wcielono go pod dowództwo mjr. Wacława Kuczajowskiego dowódcy 1 samodzielnego batalionu karabinów maszynowych i broni towarzyszących. Tym samym sformowano kombinowany batalion piechoty, który powstał z: 1 samodzielnego batalionu km i br. tow., I Mazurskiego batalionu ON, II Mazurskiego batalionu ON i pozostałości 5 batalionu strzelców. I Mazurski batalion ON wszedł w skład kombinowanego batalionu piechoty jako 1 kompania strzelecka Obrony Narodowej pod dowództwem kpt. Kazimierza Mordzewskiego. 16 września na rozkaz dowódcy pododcinka południowo-wschodniego kombinowany batalion piechoty wykonał natarcie z rejonu Utraty, poprzez kompleks domów na wschód od ul. Podskarbińskiej, do Witolina.