Litewskie legendy (również odrzucane przez większość historyków) wiążą krzyż jagielloński z postacią wielkiego księcia Szwentoroga – według nich, w czasie budowy świątyni Perkuna władca, za radą wieszczki, miał użyć 122 cegieł, a na ostatniej z nich miał zostać odciśnięty znak krzyża podwójnego, symbolizujacego tryumf chrześcijaństwa po 122 latach od budowy świątyni.
Użycie przez Jagiellonów Po raz pierwszy użyty w 1386 roku. Początkowo był używany na pieczęciach królewskich osobno, ponad główną tarczą. Pełnił funkcję herbu osobistego, ściśle związanego z osobą króla Polski. Po śmierci Władysława Jagiełły zaczął on stawać się symbolem dynastycznym. Za rządów Kazimierza Jagiellończyka nabrał ostatecznie charakterystycznego kształtu – wszystkie belki krzyża stały się prostopadle zakończonymi, a belki poprzeczne stały się równej długości i rozmieszczonymi symetrycznie na belce pionowej. Od czasu rządów Aleksandra Jagiellończyka krzyż jagielloński stracił swoje znaczenie i został wpisany w wieniec herbów ziemskich, tracąc swoją rodową specyfikę.
Krzyż jagielloński stał się częścią herbu Pogoń – przedstawiony na herbie rycerz trzyma w lewej ręce tarczę z krzyżem jagiellońskim.