złota odznaka za zasługi dla miasta Ostrołęki (pośmiertnie).
Jej imieniem nazwana została Szkoła Podstawowa nr 5 w Ostrołęce, ulica, a także jedno z rond w mieście. Przy budynku Zespołu Kolegiów Nauczycielskich znajduje się tablica poświęcona pamięci Zofii Niedziałkowskiej.
Dorobek naukowy Zofia Niedziałkowska odegrała bardzo dużą rolę w propagowaniu kultury Ostrołęki i regionu. Najważniejszą pozycją w jej dorobku naukowym jest monografia miasta Ostrołęki. Pierwsze wydanie książki pod tytułem Ostrołęka. Dzieje miasta ukazało się w 1967, a kolejne jej wydania w latach 1975, 1979 i 2002 – już po śmierci autorki. Oprócz monografii Ostrołęki do ważniejszych publikacji Zofii Niedziałkowskiej należą: Puszcza Zielona. Bory Ostrołęckie (1981); Obraz rzemiosła ostrołęckiego w okresie Drugiej Rzeczypospolitej (1918–1939) (1985); Kurpie. Bory Ostrołęckie (1988).
Upamiętnienie Od 2005 patronuje rondu w Ostrołęce. Jej imieniem nazwano Szkołę Podstawową nr 5 w Ostrołęce.
W 2016 Związek Kurpiów apelował o nazwanie ulic we wsiach i miastach na terenie regionu nazwiskami ważnych dla Kurpiów postaci historycznych, wśród nich Niedziałkowskiej.