Pożar miasta w 1709 r. spowodował m.in. dobudowanie w 1723 r. do kościoła barokowej kruchty i wymusił wymianę wyposażenia kościoła (stąd wnętrze w stylu barokowym). W XVIII w. dobudowano również barokową kaplicę loretańską z grobowcem rodziny Petrášów (w XIX w. doszło do jej neogotyckiej przebudowy). W latach 1740–1745 kościół wzbogacił się też o sławne dziś organy autorstwa wrocławskiego mistrza, Michaela Englera. Prospekt organowy został ozdobiony przez rzeźbiarza, Filipa Sattlera oraz Johanna Georga Huckha. Organy posiadały 59 rejestrów, 3 klawiatury i 2311 piszczałek. Po rozbudowie, dokonanej w latach 60. XX w. organy te mają 135 rejestrów, 5 manuałów oraz 10400 piszczałek. Należą do największych w Europie i są uznawane za jedne z lepiej brzmiących, co sprawia, że używane są często do nagrań muzyki organowej.
Kościół jest w stanie pomieścić około 4000 osób.
Południowa, starsza wieża jest udostępniona dla turystów. Rozciąga się z niej panorama całego Ołomuńca. Interesujące są równolegle do siebie biegnące dwa ciągi schodów.