W planach uwzględniono jeszcze budowę dwóch wież, ale jak pokazują nam karty historii nie doszło do tego. Wierni mogli korzystać ze świątyni, do której prowadziły dwa portale w transepcie. Takie wejście było bardzo oryginalnym rozwiązaniem. W polskiej architekturze romańskiej nie było tego typu zastosowań. Dzięki temu wierni mieli łatwy dostęp do kościoła. Można wywnioskować, że już w I połowie XIII wieku znaczna część mieszkańców Złotoryi uczestniczyła w nabożeństwach. Około roku 1270 patronat nad kościołem objął rycerski zakon Joannitów, którzy przez wieki mieli ogromny wpływ na rozbudowę i renowację kościoła.
Od początku istnienia kościoła patronką jego była Święta Maria. Prawdopodobnie w średniowieczu świątynia otrzymała, dzięki Joannitom, drugiego patrona, którym został św. Michał. Wzmianka na jego temat znajduje się w przekazach z XII wieku, lecz nie ustalono czy obie te postacie patronowały świątyni. W kościele możemy zobaczyć, jedyny wizerunek patronki, który znajduje się na sklepieniu kościoła.
Prace związane z drugiem etapem budowy wznowiono zgodnie z nową koncepcją, w której planowano wznieść kościół halowy.