Otrzymał także nagrodę dla Najlepiej Asystującego Zawodnika Ligi Mistrzów oraz został wybrany do jedenastki sezonu tych rozgrywek. Następne rozgrywki rozpoczął zdobywając bramkę na 1:0 w zremisowanym 2:2 pierwszym meczu o Superpuchar Hiszpanii z Barceloną. W przegranym 2:3 meczu rewanżowym Özil został w 78. minucie zmieniony przez Kakę, jednak w doliczonym czasie gry został ukarany czerwoną kartką. W lidze Özil w znacznym stopniu przyczynił się do zdobycia przez Real mistrzostwa Hiszpanii, a także otrzymał nagrodę dla Najlepszego Asystenta Ligi.
Arsenal 2 września 2013 podpisał długoterminowy kontrakt z angielskim Arsenalem. 14 września zadebiutował w nowym klubie podczas wygranego 3:1 spotkania z Sunderlandem, w którym zanotował asystę przy golu Oliviera Giroud. 1 października w spotkaniu fazy grupowej Ligi Mistrzów z SSC Napoli zdobył swoją pierwszą bramkę w barwach Arsenalu, a także zanotował asystę przy bramce Giroud. W swoim pierwszym sezonie w ekipie Kanonierów, zdobył Puchar Anglii, kiedy to Arsenal po dogrywce pokonał Hull City 3:2.