Problemy finansowe Skry były również przedmiotem zainteresowania organów licencyjnych Polskiego Związku Piłki Nożnej. Według stanowiska PZPN przedstawionego w listopadzie 2025 roku klub otrzymywał licencje, ponieważ w dniach podejmowania decyzji formalnie nie posiadał przeterminowanych zobowiązań wobec zawodników, trenerów ani innych podmiotów. Skra regulowała część należności lub przedstawiała porozumienia dotyczące odroczenia terminów płatności, co zgodnie z obowiązującymi przepisami oznaczało brak zadłużenia przeterminowanego w rozumieniu kryteriów licencyjnych.
PZPN przyznał jednocześnie, że Komisja Licencyjna była świadoma trudnej sytuacji finansowej klubu. Według związku decyzje licencyjne musiały być jednak podejmowane na podstawie dokumentów przedstawionych w procesie licencyjnym, a nie na podstawie doniesień medialnych. Po stwierdzeniu niewykonywania zobowiązań wynikających z zawartych porozumień oraz naruszenia kryterium F.09 na klub nałożono karę odjęcia ośmiu punktów. Ostatecznie Skra nie otrzymała licencji na udział w II lidze w sezonie 2025/2026.