Lata 80. i czasy współczesne Od czasu spadku w 1987 Fortuna jeszcze dwukrotnie awansowała do ekstraklasy. Grała w niej w latach 1989–1992 oraz 1995–1997, a następnie grała na tyle słabo, że wylądowała w Oberlidze Nordrhein (IV) (2002–2004). w latach 2000 i 2001 tylko dlatego nie spadła o klasę niżej, gdyż jej rywale nie otrzymali licencji na grę w Regionallidze. Fortuna także przechodziła kłopoty finansowe, ale z czasem sytuacja się ustabilizowała, a klub w końcu awansował do rozgrywek Regionalligi Północnej (III). Po sezonie 08/09 Fortuna awansowała do 2. Bundesligi
W sezonie 2011/2012 2. Bundesligi Fortuna zajęła trzecie miejsce i zwyciężyła następnie w barażach z 16. drużyną Bundesligi, Herthą Berlin i awansowała do Bundesligi. W sezonie 2012/2013 drużyna zajęła przedostatnie, 17. miejsce i została zdegradowana do 2. Bundesligi. W sezonie 2017/2018 Fortuna ponownie awansowała do Bundesligi.
W sezonie 2019/2020 Bundesligi Fortuna zajęła 17. miejsce i została zdegradowana do 2. Bundesligi.
Historia herbu