Emanuel Filibert podczas całych swoich rządów odzyskiwał to, co utracił podczas wojen z Francją – odzyskał liczne ziemie od Francji i Hiszpanii, m.in. Turyn. W 1563 ogłosił przeniesienie stolicy księstwa z Chambéry do Turynu, zamiast łaciny oficjalnym językiem ustanowił język włoski. Chciał również zdobyć markizat Saluzzo. Zmarł w Turynie.
Oprócz syna z małżeństwa miał inne dzieci:
ze związku z Lukrecją Proba: Amadeusz markiz Saint-Rambert , ożenił się z Marsylią Asinari San Marzono . ze związku z Beatrycze Langosco, markizą Pianezza , jedynej córki Jana Tomasza hrabiego, Stroppiana , i Adelajdy Roero Sanseverino Otton , zmarł jako dziecko; Beatrycze (zm. 1580); Matylda (zm. 1639), legitymizowana 10 lutego 1577 r., markiza Pianezza, wyjdzie za Karola Simiane, pana Albigny . ze związku z Laurą Cravola: Maria Sabaudzka , która w 1570 wyjdzie za Filipa Este , markiza San Martino (1537–1592); Franciszka Sabaudzka , wyjdzie w 1570 za Gabriela Viali . ze związku z nieznanymi konkubinami: Filip (zm.