Charakterystycznymi formami parku są także liczne obiekty ostańcowe, takie jak Half Dome czy North Dome.
Wody W parku narodowym źródła swoje mają rzeki Tuolumne oraz Merced. Wyrzeźbiły one głębokie na kilkaset metrów kaniony. Tuolumne odwadnia całą północną część parku o powierzchni ok. 1800 km², podczas gdy Merced wypływa w okolicy południowych szczytów parku i odwadnia obszar o powierzchni 1320 km². Procesy hydrologiczne, w tym zlodowacenia i powodzie, były istotne podczas tworzenia rzeźby parku.
Ponadto, na terenie parku rozmieszczonych jest ok. 3200 jezior o powierzchni większej niż 100 m², dwa zbiorniki retencyjne i około 2700 km cieków wodnych, należących do dorzeczy rzek Tuolumne i Merced. Mokradła występują tutaj głównie w dolinach i są powiązane z okresowym wylewaniem okolicznych rzek i jezior oraz ruchami wód podziemnych. Łąki pojawiają się na wysokościach od 910 do 3350 m n.p.m. i pojawiają się na brzegach potoków.