W roku 1921 utworzono ogólnonarodową ligę kostarykańską (Campeonato Nacional), a klub Alajuelense znalazł się w gronie siedmiu drużyn, które wzięły udział w pierwszych mistrzostwach Kostaryki. Obok La Liga w pierwszych rozgrywkach ligi kostarykańskiej wzięły udział następujące kluby: CS Herediano, Club Sport Cartagines i nieistniejące już kluby Sociedad Gimnástica Española, Club Sport La Unión de Tres Ríos, Club Sport La Libertad oraz Sociedad Gimnástica Limonense. Pierwsza edycja mistrzostw nie była szczęśliwa dla klubu Alajuelense, który uplasował się na ostatnim miejscu.
W 1928 roku Alajuelense pierwszy raz został mistrzem Kostaryki. Główną postacią był wówczas w drużynie jeden z najlepszych napastników w historii futbolu kostarykańskiego Alejandro Morera Soto. Pierwsze w historii zwycięstwo nad klubem zagranicznym Alajuelense odniósł 7 września 1930 roku, wygrywając w stosunku 4:2 z kubańskim klubem Fortuna.