Gauthier, Kluge i Rowe (1988) wyłączyli z Reptilia większość zauropsydów tradycyjnie zaliczanych do Anapsida; z kolei według Laurina i Reisza (1995) jedynie mezozaury były bazalnymi zauropsydami nie należącymi do Reptilia. Jednak Modesto (1999) zaliczył mezozaury do Anapsida; według niego nie są znane żadne zauropsydy nie należące do Reptilia, w związku z czym uznał Sauropsida za młodszy synonim Reptilia. Z kolei analiza Hilla (2005) zasugerowała, że mezozaury mogły być grupą siostrzaną do kladu obejmującego Reptilia i synapsydy; zdaniem Hilla może to dowodzić, że zauropsydy sensu Laurin i Reisz (1995) nie są taksonem monofiletycznym.
Autorzy obu przytaczanych definicji Reptilia zakładali, że żółwie są bazalnymi zauropsydami nie należącymi do diapsydów; jednak szereg analiz kladystycznych zasugerował, że żółwie są w rzeczywistości diapsydami z kladu Sauria. Jeśli taka jest ich rzeczywista pozycja filogenetyczna, to Reptilia sensu Gauthier, Kluge i Rowe (1988) stałyby się synonimem Sauria, zaś Reptilia sensu Laurin i Reisz (1995) – synonimem