Architektura Bożnica zbudowana została jako budowla ceglana o kamiennych fundamentach. Pozostając nieotynkowaną aż do XIX w., przypominała jednonawowe kościoły średniowieczne z wysokimi szczytami i stromymi dachami. Pierwotnie składała się wyłącznie z jednej sali męskiej (podstawowe rozwiązanie w europejskim budownictwie bożniczym aż do końca XVIII w.), o wymiarach wewnętrznych w świetle ścian ok. 7,5 × 14,5 m i powierzchni ok. 110,0 m², o osi dłuższej wschód-zachód, orientowana, z wnęką na aron ha-kodesz usytuowana na osi sciany wschodniej, przekrytej trzyprzęsłowym sklepieniem krzyżowym z rzędami ostrołukowych okien w górnej części północnej i południowej ściany. Wejście umiejscowiono w ścianie wschodniej, która jednocześnie mieściła wnękę ze zwojami Tory, zasłoniętą później wielkim drewnianym Aron ha-kodeszem.
Pierwsza przebudowa, przeprowadzona pomiędzy 1550 a 1564, została uwarunkowana rozwojem samorządu żydowskiego i popularną tendencją w II połowie XVI w. Wtedy do południowej ściany bożnicy dobudowano jednokondygnacyjny przedsionek o funkcjach recepcyjnych, który w przeciwieństwie do synagogi nie był zagłębiony w stosunku do podwórza. Odbywały się w nim obrady sądu gminy i zebrania starszyzny kahału.