W październiku 2000 za 1,7 miliona funtów Jokanović został kupiony przez Chelsea, menedżerem której był wówczas Włoch Claudio Ranieri. W Premier League zadebiutował 21 października w wygranym 6:1 meczu z Coventry City. Miał jednak pewne problemy z wywalczeniem miejsca w składzie londyńskiego klubu i na z 19 rozegranych meczów 12 razy wchodził z ławki rezerwowych. Z Chelsea zajął 6. miejsce w lidze. Latem 2001 z klubu odeszli dwaj środkowi pomocnicy, Dennis Wise i Gustavo Poyet, ale paradoksalnie Jokanović znów nie był podstawowym zawodnikiem „The Blues”. Z Chelsea znów zajął 6. miejsce i doszedł do finału Pucharu Anglii. Po sezonie, w 2002 roku, Slaviša odszedł z Chelsea i przez rok pozostawał przez przynależności klubowej. W sezonie 2003/2004 na krótko trafił do Ciudad de Murcia, z którą grał w Segunda División i w 2004 roku ostatecznie zakończył piłkarską karierę.