Nauczanie w szkole oparte było na gruntownym poznaniu łaciny i greki oraz teorii poezji i wymowy. Do nauki gramatyki łacińskiej używano podręcznika opracowanego przez Emmanuela Alvareza, który w owym czasie stanowił duże osiągnięcie dydaktyczneS. Grzybowski, Dzieje Polski i Litwy, w: Wielka Historia Polski, Kraków 2003, s. 516.. Dużą wagę przywiązywano do umiejętności praktycznych. Nieobowiązkowo uczono hebrajskiego, niemieckiego i ruskiego oraz wykładano dialektykę, fizykę i matematykę. Studiowano również geografię, historię i filozofię.
Wysoki poziom nauczania, staranne wychowanie i stosowane metody dydaktyczne, a także bezpłatny charakter studiów przyciągał do szkół jezuickich również młodzież protestancką, co w dużej liczbie przypadków kończyło się przejściem na katolicyzm.
W całokształt procesu edukacyjnego włączano wykłady, przygotowywane przez studentów wprawki pisemne, teatr szkolny, chór, orkiestrę i organizacje religijno-społeczne (sodalicje mariańskie).
Powrót szkolnictwa w zaborze austriackim thumb|Chyrów, widok ogólny Collegium Jezuitów