Podejmowany przez Hermanna von Wissmanna spadł z balkonu podczas uczty i odniósł ciężkie obrażenia.
Wyleczony, przeszedł w 1890 roku na służbę w kolonialnej administracji Niemiec. Udał się w kierunku Jeziora Wiktorii, gdzie założył stację Bukoba. Podjął szereg wypraw w rejonie wielkich jezior afrykańskich celem zdobycia palmy pierwszeństwa odkrycia źródeł Nilu dla Niemiec. W czasie tych wypraw eksplorował – wraz z Henrym Stanleyem – pasmo górskie Ruwenzori. W 1891 dotarł do południowego brzegu Jeziora Edwarda. Brak żywności i nieprzyjazna postawa ludności zmusiły go do odwrotu ku Undusumie (Nyangabo) w Kongu, gdzie wybuchła ospa. Emin Pasza wysłał towarzyszącego mu zoologa Stuhlmanna z częścią karawany z powrotem; sam, choć chory i prawie ślepy, pozostał przy chorych.
W 1890 został uhonorowany Złotym Medalem Królewskiego Towarzystwa Geograficznego (Founder's Medal).