Los wielu ówczesnych działaczy i zawodników jest do dziś nieznany. Wielu z nich oddało swe życie w walce za ojczyznę.
Pierwszy powojenny spektakularny sukces Bałtyku przyniósł rok 1959, w którym to klub awansował do II ligi. W ten sposób Bałtyk stał się pierwszym zespołem, który wywalczył dla Gdyni ligę piłkarską na szczeblu centralnym. W 1970 r. RKS Bałtyk został przemianowany na SKS Bałtyk. W 1980 Bałtyk awansował do ekstraklasy i jako beniaminek znalazł się na 6. pozycji, klub dzielił tylko 1 punkt od pozycji wicelidera, co dawałoby możliwość gry w europejskich pucharach. W lidze spędził 7 sezonów. Zespół występował także w Pucharze Intertoto. W latach 90. klub przeżywał kłopoty natury finansowej i organizacyjnej, co było przyczyną trudnego dla klubu okresu. W sezonie 2008/2009 Bałtyk występował w rozgrywkach III ligi bałtyckiej (grupa pomorsko-zachodniopomorska), w których to wywalczył awans do II ligi zachodniej. Klub rozegrał 210 spotkań w ekstraklasie i 608 w II lidze (stan na 3 lipca 2015).
W latach 80. klub zrzeszał we wszystkich swoich sekcjach przeszło 2000 sportowców. Był to szósty pod względem liczebności wielosekcyjny klub w kraju.