Po likwidacji Szkoły Głównej w 1869 objął tę samą katedrę w Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim. Ponieważ od profesorów posiadających stopnie naukowe zagraniczne wymagano, aby postarali się o stopień doktorski na którymś z uniwersytetów rosyjskich, przedstawił i obronił w 1872 roku w Petersburgu rozprawę doktorską "O istocie prawa" Od 1876 do wyjazdu z Warszawy był dziekanem Wydziału Prawa. Mimo lojalności wobec władz (które nagrodziły go orderami i tytułem rzeczywistego radcy stanu), środowisko rosyjskie w uczelni nie sprzyjało mu, co wpłynęło na jego wyjazd i objęcie w 1886 we Lwowie katedry prawa kanonicznegoDr. Józef KarsznicaKurier Lwowski 1886 nr 199 s. 2-3. Także w 1887 był wiceprzewodniczącym I Zjazdu Prawników i Ekonomistów Polskich w Krakowie.
Zmarł 7 października 1887 we LwowieJózef Kasznica Kurier Lwowski 1887 nr 280 s. 5. Został tymczasowo pochowany na cmentarzu Łyczakowskim we Lwowie. 9 listopada odbył się pogrzeb na cmentarzu Rakowickim w KrakowiePrzywiezienie zwłok ś.p. Józefa Karsznicy Czas 1887 nr 257 z 10 listopada s. 3. Został pochowany w grobie rodzinnym obok ojcaKronika. Zwłoki ś.p. Józefa Kasznicy Czas 1887 nr 252 z4 listopada s. 2.