Minister rolnictwa 18 stycznia 1930 został ministrem rolnictwa w rządzie Kazimierza Bartla, dzięki zjednywaniu ziemian dla sanacji w Radzie Zrzeszeń Gospodarczych Pomorza, którą współtworzył. Pełnił ten urząd w gabinetach Walerego Sławka, Józefa Piłsudskiego i Aleksandra Prystora.. Jako minister bronił polityki celnej i interwencjonizmu, opowiadając się za wzmocnieniem rynku wewnętrznego i dążeniem do autarkii. Rolnictwo czynił podstawą egzystencji, ale też dobrobytu państwa, dlatego też wprowadził ułatwienia w spłatach kredytów dla drobnych rolników, zainicjował interwencyjny skup zbóż, ale też promował eksport płodów rolnych. Na pierwszej konferencji prasowej za przyczynę kryzysu w rolnictwie uznał nadwyżkę zboża na rynku pochodzącą z zewnętrznego importu oraz nadmierną ilość zapasów własnych. W nocy z 27 na 28 lutego 1930 Komitet Ekonomiczny Rady Ministrów uchwalił „Plan doraźnej pomocy dla rolnictwa”. W 1930 r. Janta-Połczyński został przewodniczącym Komitetu Obchodów 10-lecia Przyłączenia Pomorza do Polski oraz Dni Morza. W pierwszym kwartale 1931 jako minister występował do rozmaitych organów rządowych i parlamentarnych z prośbami o nowe środki budżetowe na rok 1931/1932. Priorytetem działania ministra był eksport na rynki zagraniczne oraz podniesienie jakości produktów przeznaczonych na eksport.