Po przewrocie majowym (1926) w konsekwencji porozumienia Józefa Piłsudskiego ze środowiskiem konserwatywnym, mającego na celu oddzielenie go od narodowej demokracji (zjazdy w Nieświeżu i Dzikowie), Niezabytowski został ministrem rolnictwa w pierwszym rządzie Józefa Piłsudskiego, czwartym Kazimierza Bartla i rządzie Kazimierza Świtalskiego. Funkcję tę pełnił od 2 października 1926 do 7 grudnia 1929. Współzałożyciel Organizacji Zachowawczej Pracy Państwowej.
W latach 1928–1930 senator RP z listy BBWR, wybrany w województwie poleskimTadeusz i Karol Rzepeccy, Sejm i Senat 1928–1933. Podręcznik zawierający wyniki wyborów w województwach, okręgach i powiatach, podobizny posłów sejmowych i senatorów, statystyki i mapy poglądowe, Wielkopolska Księgarnia Nakładowa Karola Rzepeckiego, Poznań 1928, s. 251.. mały|Grób Karola Niezabytowskiego Po agresji Niemiec i ZSRR na Polskę we wrześniu 1939 na emigracji we Francji, następnie w Wielkiej Brytanii, gdzie zmarł w domu opieki „Antokol” w Beckenham. Pochowany został na Beckenham Cemetery (E1 22635).
Życie prywatne Był mężem Zofii Łęskiej h.