Jednostki dydaktyczne thumb|Członek Biura Politycznego, sekretarz KC PZPR, gen. broni dr Józef Baryła wręcza dyplomy ukończenia studiów absolwentom WAP, Warszawa 1987 Struktura organizacyjna i proces kształcenia w AWP były zbliżone do rozwiązań zastosowanych w Akademii im. Lenina w Moskwie. Autorem większości koncepcji przy tworzeniu akademii był płk Jan Hoffman, absolwent moskiewskiej uczelni. W okresie funkcjonowania uczelnia przechodziła liczne zmiany organizacyjne. Podyktowane były one w dużej mierze przemianami społeczno-politycznymi i polityczno-wojskowymi. Podstawowymi jednostkami dydaktycznymi WAP były: Katedra Ekonomii Politycznej Katedra Historii Polski – kierownik Emanuel Halicz. Inni pracownicy okresowo związani z katedrą: Władysław Tomkiewicz, Maria Turlejska, Tadeusz Jędruszczak, Józef Lewandowski Katedra Historii Powszechnej (od 1951) – kierownik Ludwik Bazylow. Inni pracownicy okresowo związani z katedrą: Stanisław Arnold, Juliusz Bardach, Jerzy Dowiat, Karol Lapter, Tadeusz Cieślak, Andrzej Zahorski, Marian Leczyk. Katedra Historii Wojskowej i Sztuki Wojennej (od 1957 Katedra Historii Wojskowej) – kierownik Stanisław Herbst. Katedra Historii Polskiego Ruchu Robotniczego (od 1958) – kierownicy: Tadeusz Jędruszczak, Tadeusz Cieślak, Franciszek RyszkaTadeusz Rutkowski, Nauki historyczne w Polsce 1944-1970.