Cierpiał jednak w toku służby na usterki związane z pośpieszną budową.
Po wejściu do służby celem pierwszej podróży zagranicznej były Stany Zjednoczone, gdzie okręt wziął udział w obchodach 300 rocznicy założenia osady w Jamestown. Powrócił do Japonii przez Portsmouth w Anglii (gdzie wyposażono go w system kierowania ogniem) i Kanał Sueski. W kolejnych latach "Tsukuba" brał udział w licznych ćwiczeniach i pokazach organizowanych przez Japońską Cesarską Marynarkę Wojenną. Podczas I wojny światowej okręt działał w rejonie Oceanu Indyjskiego i południowego Pacyfiku, wspierając siły brytyjskie w ramach sojuszu angielsko-japońskiego.
14 stycznia 1917 na stojącym w porcie Yokosuka okręcie eksplodowały komory amunicyjne. Na okręcie wybuchł gwałtowny pożar, co doprowadziło do zatonięcia w płytkiej wodzie. Zginęło 305 marynarzy. Pomimo zdarzających się samoistnych wybuchów tego rodzaju na okrętach japońskich, związanych z niestabilnością chemiczną ładunków miotających z kordytem, według ustaleń śledztwa, pożar został spowodowany celowo przez marynarza, który chciał popełnić samobójstwo. Okręt został następnie w 1918 roku podniesiony z dna i złomowany.