W 1943 roku wstąpił do Bengalskiej Ligi Muzułmańskiej, w tym okresie Mujib popierał budowę odrębnego muzułmańskiego państwa Pakistanu i w 1946 roku został sekretarzem generalnym studentów uczelni Islamia Unii. Po uzyskaniu dyplomu w 1947 roku, Mujib był jednym z muzułmańskich polityków pracujących w Suhrawardy w czasie walk, które wybuchły tam w 1946 roku, tuż przed podziałem IndiiZillur Rahman Khan, The Third World Charismat: Sheikh Mujib and the Struggle for Freedom, s. 32, University Press Limited, Dhaka, 1996, ..
Po podziale Indii, Rahman zdecydował się na pobyt w nowo utworzonym Pakistanie. Po przyjeździe do Pakistanu Wschodniego, rozpoczął studia na Uniwersytecie w Dhace, by studiować prawo i założył Ligę Studentów Muzułmańskich Pakistanu Wschodniego. Wkrótce stał się jednym z najbardziej znanych studenckich przywódców politycznych regionu. W tym okresie politycznie zbliżył się do socjalizmu. Gdy 26 stycznia 1949 roku rząd ogłosił, że urdu będzie jedynym oficjalnym językiem państwowym Pakistanu, chociaż w Pakistanie Wschodnim większość ludności używała bengali, Rahman trafił do więzienia za udział w protestach i strajkach przeciw tej ustawie.