W 1953 roku został sekretarzem generalnym partii, przez krótki okres był ministrem rolnictwie w rządzie Abula Kasema Fazlula Huqa, Mujib na krótki okres został aresztowany za organizację protestu przeciwko rządowi centralnym za decyzję o dymisji ministrów Frontu Jedności.
W latach 1955–1958 zasiadał w drugiej Konstytuancie Pakistanu, do której został wybrany w powszechnych wyborach, rząd zaproponował aby połączyć prowincje zachodnie, tym samym wzmacniając rząd centralny. Na skutek tej decyzji w 1956 roku powstała Islamska Republika Pakistanu. Tą samą decyzją prowincje wschodniopakistańskie do tej pory funkcjonujące jako Bengal Wschodni, stały się Pakistanem Wschodnim. Mujib na łamach Zgromadzenia Konstytucyjnego domagał się aby tożsamość etniczna Bengalczyków była przestrzeganaOfficial Report, Debates, s. 296, Pakistan Constituent Assembly, 1955.. W 1956 roku Mujib wszedł do rządu koalicyjnego jako minister przemysłu, handlu, pracy, walki z korupcją i pomocy wsi. Z ministerstwa zrezygnował w 1957 roku.