Mujib ponownie został aresztowany przez wojsko i po dwóch latach więzienia trafił przed sąd wojskowy. Mujib i inni działacze bengalscy zostali oskarżeni przez rząd o rzekome rozmowy z indyjskimi agentami o podziale Pakistanu, tym samym mieli oni zagrozić jedności, porządkowi i bezpieczeństwu narodowemu. Do spotkania miało dojść rzekomo w mieście Agartala, w indyjskim stanie Tripura. W obronie oskarżonych działaczy doszło do protestów i strajków. Bengalskie grupy studenckie i polityczne utworzyły „plan 11-punktowy”. Rząd uległ presji i uwolnił Mujiba. W 1969 roku Ayub Khan zwołał konferencję partii opozycyjnych i rządu, Mujib zażądał akceptacji jego sześciu punktów i opuścił konferencję po odrzuceniu jego propozycji. W dniu 5 grudnia 1969 na rocznicy śmierci Suhrawardy złożył oświadczenie, że odtąd Pakistan Wschodni będzie nazywany jako „Bangladesz”. Działania i deklaracje Mujiba wywołały napięcia w całym kraju. Zachodniopakistańscy politycy i wojskowi zaczęli widzieć w nim separatystycznego przywódcę. Jego teorie o bengalskiej tożsamości kultowej i etnicznej rozpoczęły debatę nad autonomią regionu. Wielu obserwatorów odrzuciło teorię dwóch narodówCharles Kennedy, Craig Baxter (2006-07-11). Governance and Politics in South Asia.