30 października 1930 wieczorem do jego gabinetu w CIWF na warszawskich Bielanach przyszedł inny wykładowca tej uczelni, kpt. dr Zdzisław Szydłowski, który po krótkiej sprzeczce między nimi zastrzelił kpt. Pawełka kilkoma strzałami z broni palnej. Według doniesień prasowych między oboma oficerami istniała wieloletnia niechęć, a w grudniu 1929 doszło między nimi do pojedynku. 4 listopada 1930, po nabożeństwie żałobnym w kościele garnizonowym przy ul. Długiej, został pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera B15-6-17).
Upamiętnienie W lutym 1989 na wniosek Harcerskiego Kręgu Seniorów „Twierdza” imieniem Alojzego Pawełka nazwano skwer na warszawskiej Woli znajdujący się u zbiegu ulic: Brylowskiej i Prądzyńskiego. W budynku Zespołu Szkół Mechanicznych im. M. Konarskiego została ustanowiona tablica poświęcona druhowi Pawełkowi.
Publikacje 10 książek o metodyce harcerskiej Młoda drużyna. Podręcznik pracy harcerskiej w drużynie (Kijów 1918, Warszawa 1919, Warszawa 1922) Gawędy instruktorskie.