Przy Kwaterze Głównej Szarych Szeregów działała od 1940 r. żeńska Grupa Wykonawcza Łączniczek i Kolporterek podległa Mirosławowi Cieplakowi „Giewontowi”; była to ok. 50-osobowa grupa harcerek (w 1944), powstała z kręgu starszoharcerskiego przy 54 Warszawskiej Drużynie Harcerskiej, a następnie z utworzonej 54 Żeńskiej Drużyny Harcerskiej im. Władysława Jagiełły. Jej drużynową przez cały czas okupacji była Romana Łukaszewska „Ewa”. Głównym zadaniem tego zespołu był kolportaż prasy konspiracyjnej Szarych Szeregów.
Inne organizacje harcerskie okupacyjnej Polski Szare Szeregi nie były jedyną organizacją harcerską podczas okupacji – stosunkowo dużą organizacją były Hufce Polskie. Mimo wielokrotnych rozmów była to jedyna poważna organizacja konspiracyjna o rodowodzie harcerskim która nie włączyła się w konspiracyjne Szare Szeregi.
We wczesnym okresie konspiracji samoistnie powstawało wiele samodzielnych konspiracyjnych organizacji o rodowodzie harcerskim, większość z nich została włączona w struktury Szarych Szeregów lub Armii Krajowej, m.in. na wcielonym do Rzeszy terenie Pomorza, głównie w Gdyni, działał Tajny Hufiec Harcerzy, włączony w struktury Szarych Szeregów na początku 1943 roku.