II Rzeczpospolita Po odzyskaniu niepodległości, w 1919 r. został dyrektorem kieleckiego oddziału Polskiej Krajowej Kasy Pożyczkowej, a rok później zostając dyrektorem Izby Skarbowej w Kielcach. Następnie w 1921 r. został mianowany wiceministrem skarbu, pełnił tę funkcję do 1926 r. W ministerstwie zajmował się głównie kwestiami podatkowymi. Markowski dwukrotnie pełnił funkcję kierownika resortu. Pierwszy raz po dymisji ministra Jana Kantego Steczkowskiego w 1921 r. oraz po odejściu Zygmunta Jastrzębskiego w 1923 r.
Podczas pracy w ministerstwie zajmował się także działalność publikacyjną. Pod jego kierownictwem wydano Prace Przygotowawcze do Ustawodawstwa Skarbowego współautorskich, a on sam wydał np. Z dziedziny skarbowości polskiej uwagi i roztrząsania (1925).
Od 1921 r. był profesorem oraz kierownikiem katedry prawa skarbowego w Wyższej Szkole Handlowej w Warszawie. Piastował w niej urzędy prorektora i rektora. Po przejściu na emeryturę w 1931 roku wrócił do Kielc, gdzie aktywnie uczestniczył w życiu społecznym, między innymi jako prezes Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego, Towarzystwa Cyklistów i Towarzystwa Opiekuńczego Szpitala dla Dzieci.
Zmarł 30 września 1936 r.