Po zakończeniu II wojny światowej klub wznowił swoją działalność jako WKS Unia. W sezonie 1945 zespół występował w rozgrywkach Grupy I Klasy A okręgu Lublin, gdzie zajął trzecie miejsce. W 1946 pod nazwą WKS Społem/Unia zakończył sezon na drugiej pozycji w Klasie A okręgu Lublin. W 1947 ponownie zagrał w Klasie A, ale już pod nazwą WKS Unia/Społem. Po zajęciu 6.miejsca spadł do Klasy B okręgu Lublin. W kolejnych sezonach brał udział w rozgrywkach Klasy B. Po zakończeniu sezonu 1953 zgodnie z zarządzeniem MON, dotyczącym likwidacji większości klubów typu WKS, klub z Lublina również uległ rozwiązaniu.
Dopiero w 1957 roku klub został reaktywowany jako WKS Unia i został zakwalifikowany do III Ligi bez eliminacji, zajmując 8. miejsce w Grupie Lublin XIV. W 1958 zespół awansował na drugą pozycję w Grupie Lublin XIV, ustępując jedynie Lubliniance. A w 1959 roku zdobył mistrzostwo Lubelskiej ligi okręgowej, ale w eliminacjach do II Ligi, zajął ostatnie czwarte miejsce w Grupie III. W następnym sezonie WKS Unia znów został mistrzem Lubelskiej ligi okręgowej, a tuż za nim uplasowała się Lublinianka. W celu wzmocnienia zespołu przed eliminacjami do II ligi jesienią 1960 roku znowu doszło do fuzji WKS Unii i Lublinianki.