Po zajęciu przez wojska hitlerowskie Lublina, w listopadzie 1939 - w ramach akcji Sonderaktion Lublin, która była częścią Intelligenzaktion (akcja „Inteligencja”) - został uwięziony na Zamku w Lublinie wraz z profesorami KUL – ks. Antonim Szymańskim, ks. Zdzisławem Golińskim, Czesławem Martyniakiem oraz innymi przedstawicielami elity społecznej i intelektualnej Lublina. Uwolniony za haracz w 1940, wyjechał do Niepołomic, gdzie prowadził tajne nauczanie.

W 1949 otrzymał od Piusa XII tytuł szambelana papieskiego. 23 stycznia 1950 został aresztowany przez UB i więziony w latach 1950–1953 przez władze Polski Ludowej za związki z organizacją Wolność i Niezawisłość. Proces odbył się 11 i 12 sierpnia 1950 przed WSR w Lublinie. Ignacy Czuma został skazany na 10 lat więzienia za udzielanie pomocy WiN oraz napisanie broszury Polska i Sowiety. Po odrzuceniu skargi rewizyjnej przez Najwyższy Sąd Wojskowy żona profesora, Lubow Czuma z domu Szujska, zwróciła się o ułaskawienie męża do prezydenta Bolesława Bieruta. W sprawie prof. Ignacego Czumy, wstawił się jego dawny student z KUL, zaprzyjaźniony z rodziną Czumów, prymas Stefan Wyszyński. 19 lutego 1951 decyzją Bolesława Bieruta zmniejszono orzeczoną karę do 6 lat więzienia.