W rezultacie po zajęciu Belgii przez wojska niemieckie w maju 1940 r., podjął kolaborację z okupantami, dyktowaną względami kulturalnymi. W poł. 1941 r. zaangażował się w akcję rekrutacyjną do Legion Flandern, przeznaczonego do walki z Sowietami na froncie wschodnim. Cyriel Verschaeve uważał ZSRR i „szatański bolszewizm” za największe zagrożenie dla europejskiej kultury i pokoju. W 1944 r. spotkał się z Reichsführerem SS Heinrichem Himmlerem w sprawie przyszłości sprawy flamandzkiej. Powiedział mu, że pomimo odrzucenia narodowo-socjalistycznego pogaństwa, widzi w tej ideologii dużo pozytywnych cech potrzebnych kościołowi katolickiemu. Do samego końca działań wojennych na obszarze Belgii prowadził propagandę rekrutacyjną do flamandzkich oddziałów Waffen-SS. Na pocz. 1945 r. uciekł do Austrii, gdzie ukrywał się aż do swojej śmierci 8 listopada 1949 r. W międzyczasie władze belgijskie skazały go zaocznie na karę śmierci.
W 1973 r. członkowie ekstremistycznej organizacji Vlaamse Militanten Orde przenieśli jego prochy do Flandrii.