Na jakość wody w środkowym i dolnym biegu rzeki ma wpływ oddana do użytku po roku 2003 oczyszczalnia ścieków komunalnych w Zaklikowie. Po jej uruchomieniu zaobserwowano w rzece powrót raków.
Badania hydrograficzne źródeł Systematyczne obserwacje źródeł Sanny rozpoczęto w 1970 roku. Wówczas założony został wodowskaz, na którym codziennie odczytywane były stany wody w rzece, odzwierciedlające wydajność pierwszych źródeł. Skrajne wielkości wypływającej wody zmieniały się w źródłach górnych od 0,4 l/s do 134 l/s, a w stokach od 75 do 230 l/s. Zmiany wydajności w obu źródłach są synchroniczne, a współczynnik korelacji ma wartość +0,98. O zwiększaniu się wydajności źródeł, jak również stanów wód podziemnych poziomu roztoczańskiego, decyduje zasilanie w dłuższym okresie. Woda z opadów atmosferycznych częściowo przesącza się przez lessy, a częściowo spływa po powierzchni terenu, powodując okresowe, niekiedy bardzo wysokie, wezbrania Sanny. By zasilić zasoby podziemne, wody z opadów muszą pokonać grubą strefę aeracji (warstwę nienasyconą). Następnie dostają się do szczelinowo-porowego zbiornika wód podziemnych, skąd później mogą wypływać (między innymi w źródłach) z różną intensywnością. Następuje więc swoiste opóźnienie wypływu (względem opadów atmosferycznych), które widać przy analizie szczegółowych danych liczbowych, np.