Wnętrze kościoła nakryte jest sklepieniem krzyżowo-żebrowym, które jest wsparte na filarach wiązkowych oraz na służkach przylegających do wewnętrznego lica murów lateralnych. Elementy konstrukcyjne mają w większości jednolitą formę; do okrągłych w planie filarów międzynawowych przylegają po cztery mniejsze także okrągłe filary, które łączą się na wysokości kapiteli. Jedynie cztery filary skrzyżowania naw mają charakter wiązkowy, do niewidocznego rdzenia przylegają liczne mniejsze kolumienki. Poszczególne elementy konstrukcyjne zdobi oryginalna rzeźba architektoniczna, którą tworzy dekoracja kapiteli i zworniki z przede wszystkim motywami roślinnymi, a także figuralnymi.
Przeprute ostrołukowymi oknami ściany są podzielone na dwie strefy, górną niższą sięgającą do strefy sklepień i dolną wyższą stanowiącą przyziemie. Zarówno jak w prezbiterium, jak w korpusie nawowym mury lateralne posiadają niemalże jednolitą artykulację ścian, przede wszystkim w każdej z części (oprócz wież) zastosowano dwukondygnacyjny podział i dwie strefy okien. thumb|Wnętrze kościoła Charakterystyczna dla marburskiego kościoła część wschodnia ma przestrzenny nawiązujący do nadreńskiej tradycji romanizmu, gdzie konsekwentnie stosowano trójkonchowy układ przestrzenny zastępujący tradycyjny transept i prezbiterium.