Niemcy jednak wpadli na trop kryjówki za sprawą zdrady Karela Čurdy, który ujawnił nazwiska osób pomagających spadochroniarzom. 18 czerwca 1942 sobór Świętych Cyryla i Metodego został otoczony przez ugrupowanie SS i gestapo. Gabčik, Jaroslav Švarc, Jan Hrubý, Josef Valčík, Adolf Opálka i Josef Bublík popełnili samobójstwo w okrążonym kościele. Kubiš natomiast, który stracił przytomność raniony odłamkami granatu na chórze kościoła, zmarł w sanitarce podczas transportu do szpitala.
Odznaczenia Czechosłowacki Wojskowy Order Lwa Białego „Za zwycięstwo” I Klasy – 1968, pośmiertnie Złota Gwiazda Czechosłowackiego Orderu Wojskowego „Za Wolność” – 1949, pośmiertnie Order Milana Rastislava Štefánika III Klasy – 1992, pośmiertnie Krzyż Wojenny Czechosłowacki 1939 – dwukrotnie: 1940, 1942 i 1945 (pośmiertnie) Czechosłowacki Wojskowy Medal Pamiątkowy (z okuciami „F” i „VB”) – 1944, pośmiertnie Croix de Guerre 1939-1945 – Francja
Pamięć W 1948 dla uczczenia Jozefa Gabčika przemianowano słowacką gminę Beš na Gabčíkovo Jego imieniem nazwano: elektrownię wodną na Dunaju – Vodné dielo Gabčíkovo 5 Pułk Specjalnego Przeznaczenia (5.