Drużyna, w której grali m.in. reprezentanci Portugalii Ricardo, Beto i Ricardo Sá Pinto oraz młodzi, zaczynający kariery João Moutinho i Hugo Viana, po wyeliminowaniu Feyenoordu, Middlesbrough, Newcastle United oraz AZ Alkmaar dotarła do finału Pucharu UEFA, w którym następnie uległa 1:3 CSKA Moskwa. Podopieczni Peseiro w lidze zajęli trzecie miejsce. Jednak słaby początek następnego sezonu (porażka w eliminacjach do Ligi Mistrzów z Udinese Calcio, odpadnięcie z Pucharu UEFA po przegranej z Halmstads BK) oraz konflikt z kilkoma zawodnikami (m.in. z Fábiem Rochembackiem, który publicznie zarzucił trenerowi brak kompetencji) sprawiły, że w październiku 2005 roku szkoleniowiec złożył dymisję.
Pozostawał bez pracy ponad półtora roku. Na początku czerwca 2007 roku został opiekunem piłkarzy Panathinaikosu Ateny, gdzie podpisał dwuletnią umowę. Po zakończeniu sezonu 2007-2008, w którym jego podopieczni zajęli dopiero trzecie miejsce w lidze, złożył wymówienie.